由2020年起，市政署恒常对进口澳门的冷链食品、水果，以及批发市场、街市等开展病毒核酸检测排查，每日平均抽取冷链食品及环境样本近三百个，涵盖冷藏、冷冻、冰鲜等进口检疫食品及水果，按风险评估抽取一定比例的样本作留置待检，检测结果无异常才可向下游销售。

同时，市政署依照国家海关总署的公告对进口冷链食品采取预防及监管措施，因应风险程度制定应急预案。当获悉某国家或地区的注册场货品检出新冠病毒，即在澳门入口层面采取一系列暂缓入口申请检疫安排。在期满恢复时，亦针对该注册场的货品进行外包装、内包装及食品的病毒核酸检测，严防新冠病毒透过冷链食品及外包装传播。

为加强对进口水果的溯源追踪，目前，除冷链食品须于追溯系统作规范化申报，记录每天出货及退货的下游公司、货品数量外，业界也须对进口水果作规范化记录，以便市政署溯源追查货物流向。

市政署与卫生部门合作，协助业界三千多名冷链从业员接种新冠疫苗、安排每七日进行一次核酸检测，持绿码上班，落实工作人员及外来访客进出冷链食品场所的登记管理，以便一旦出现突发状况时权限当局可及时追踪共同轨迹及风险人群。